Все JPanels имеют LayoutManager, который довольно удобно управляет размещением компонентов.Макет по умолчанию - FlowLayout, режим которого по умолчанию будет просто размещать каждый компонент справа от последнего компонента.
Если вы хотите изменить макет на что-то более полезное, есть много опций;BorderLayout, GridLayout, макет GridBag являются популярными.Я использую MigLayout, внешнюю библиотеку, которая очень мощная :).
Поскольку он выглядит маленьким, попробуйте принудительно установить размер с помощью setSize (w, h) или setPreferredSize (w, h).