Просто чтобы заинтересованные лица знали ...
После дальнейших поисков я нашел ответ!Вот как я получаю количество нерабочих дней:
import com.pyxis.greenhopper.GreenHopper;
.
.
GreenHopper ghService = (GreenHopper) ComponentManager.getOSGiComponentInstanceOfType(GreenHopper.class);
Set set = ghService.getConfiguration(issue.getProjectObject()).getNonWorkingDays();
Набор содержит нерабочие дни, настроенные на экране конфигурации GreenHopper в Jira.
Как раз после.
Я надеюсь, что это поможет кому-то там: -)