Используйте это:
q => q.Where(entity =>
String.Equals(entity.CaseInsensitiveField , CaseInsensitiveField ,
StringComparison.OrdinalIgnoreCase));
UPDATE
Похоже (по крайней мере, через LinqPad), что вышеупомянутое не будет переводиться в SQL, поэтому я бы предложил, как уже предложил ivowiblo:
var comparisonValue = CaseInsensitiveField.ToUpper();
q => q.Where(entity =>
entity.CaseInsensitiveField.ToUpper() == comparisonValue);
Причиной установки ToUpper заранее является то, что процедурные функции, как правило, хуже в SQL, и поскольку это не поле базы данных, мы можем отправить его уже с заглавной буквы.