Начиная с версии 0.94 (будет выпущено 4/2/2012) JSXGraph будет иметь опции для этого.Затем вы можете изменить свой пример на
SGH.b.create('point',[3,-1],
{size:.2, withLabel:true, name:'A', color: 'none',
label:{position:'top', offsets:[0,10]}});
С позицией ('lft', 'llft', 'ulft', 'top', 'bot', 'rt', 'lrt', 'urt') направление можно контролировать со смещением: [x, y] можно настроить точное положение (в пикселях).Точные значения смещений зависят от вашего шрифта.