Я всегда заканчиваю тем, что перекомпилирую watin, чтобы он не был подписан, так как я не мог заставить ни одно из предложенных решений работать.
Вы можете получить источник здесь: http://watin.org/
Откройте решение в папке \ source \ src (есть версии VS2008 и VS2010), откройте оба проекта и перейдите в свойства -> Подписание, снимите флажок «подписать сборку» и соберите решение.
Вы должны получить две библиотеки DLL в \ source \ src \ Core \ bin (WatiN.Core.dll и Interop.SHDocVw.dll) - просто скопируйте их в свой проект, и они должны работать нормально.