У меня есть следующее в моем проекте wix, но файл msi (который действителен и запускается из командной строки) не будет запускаться ни с параметром без вывода сообщений, либо без него
<InstallExecuteSequence >
<Custom Action="Runmymsi" After="InstallFinalize">Not Installed</Custom>
</InstallExecuteSequence>