У меня была такая же проблема с версией Eclipse Luna.
Я даже не смог скомпилировать пример "Hello World", который встроен в IDE.Он продолжал говорить, что файл make не найден в пути, хотя он и был.
Я попробовал все предложения на этом форуме (убедившись, что путь был в переменных Windows и Eclipse, и создав файл rm.bat)но ничего не помогло.
Что я сделал, так это скопировал make.exe из C: \ MINGW \ msys \ 1.0 \ Bin и вставил его в папку, где находится eclipse.exe.Это может быть не оптимальным решением, но оно решило его.