Если я не ошибаюсь, IIS не будет обслуживать файл Web.Config. Если вы беспокоитесь о том, что люди вытаскивают его из Интернета, я уверен, что вы можете заблокировать этот файл от Apache.
Если вы говорите о местной безопасности, я не думаю, что есть "хороший" способ сделать это. Скажем, у вас есть пароль в вашем Web.Config единственный способ правильно зашифровать это, чтобы потребовать другой пароль для расшифровки файла. Итак, по сути, поскольку (я предполагаю) вам нужен программный доступ к файлу, вы просто перемещаетесь туда, где храните свои пароли, из Web.Config в исходный код или в другой внешний файл, который на самом деле ничего вам не дает , Все другие методы шифрования, для которых не требуется пароль для расшифровки, просто затеняют файл, но довольно часто бывают незаметными.
Прочтите эту статью о Pidgin (ранее gaim), хранящем пароли локально http://developer.pidgin.im/wiki/PlainTextPasswords. Кроме того эта статья википедии о ключах шифрования может быть полезной. Оба обсуждают врожденные ограничения безопасности через неизвестность .
По сути, если вы заблокируете файл локально, используйте для этого защиту на основе учетной записи пользователя, то есть ограничьте доступ для чтения / записи к файлу.