Просто не регистрируйтесь на оповещения, тогда пользователь не получит оповещения, когда приложение не открыто, но если приложение открыто, вы все равно можете отвечать на уведомления молча или по вашему выбору.
Или: (это сохранит пропускную способность вашей сети и пользователей)
Когда приложение закрывается, отправьте сообщение на ваш сервер, сообщающее, что приложение закрыто и не отправлять новые уведомления.Затем при запуске приложения отправьте сообщение на сервер, сообщив ему об отправке уведомлений.
РЕДАКТИРОВАТЬ: если вы не хотите, чтобы приложение открывалось автоматически или загружать новый контент в фоновом режиме, в этом случае это невозможно.