Мне тоже не ясно по этому вопросу, но если вам нужен наивысший родительский элемент какого-либо Компонента, есть SwingUtilities.getWindowAncestor(Component);
Если вы хотите получить список всех видимых окон, посмотрите более ранний Stackoverflowвопрос, свинг получить видимые кадры
РЕДАКТИРОВАНИЕ ДОБАВЛЕНО
Затем посмотрите на @mKorbel предложение getComponentZOrder.Но JPopupMenus может быть странным в их происхождении.
Перечитывая ваш вопрос, вы можете получить все Windows верхнего уровня и вызвать getComponentPopupMenu () для проверки на совпадение.
Или, если у вас есть местоположение x, y, лучшим решением будет вызов findComponentAt (x, y).From javadocs:
"Находит видимый дочерний компонент, который содержит указанную позицию. Самый верхний дочерний компонент возвращается в случае, когда в компонентах есть перекрытие. Если содержащийся дочерний компонент является контейнером,этот метод продолжит поиск самого глубокого вложенного дочернего компонента. Компоненты, которые не видны, игнорируются во время поиска. "