По сути, вы просите получить все идентификаторы из таблицы A, которые имеют две или более записей в таблице C, поэтому вы можете использовать:
SELECT COUNT(1) AS cnt, FKA
FROM c
GROUP BY FKA
HAVING cnt >= 2
Я не уверен, что правильно понимаю, но я думаю, что вам также нужен список всех значений FKB, которые есть в таблице C для каждого FKA, для которых вы можете использовать:
SELECT COUNT(1) AS cnt, FKA, GROUP_CONCAT(FKB SEPERATOR ",")
FROM c
GROUP BY FKA
HAVING cnt >= 2
Я не проверял запросы, поэтому, возможно, есть синтаксические ошибки, но идея должна быть в порядке.
EDIT; ответ на реальный вопрос (надеюсь)
Предположим, у вас есть список из 4 идентификаторов таблицы B (т.е. 1, 4, 67 и 133), и вы хотите знать, какие идентификаторы таблицы A ссылаются на все эти; Вы можете использовать:
SELECT COUNT(1) AS cnt, FKA
FROM c
WHERE (FKB = 1 OR FKB = 4 OR FKB = 67 OR FKB = 133)
GROUP BY FKA
HAVING cnt = 4
Это работает, только если комбинация FKA и FKB уникальна в таблице c (что в любом случае было бы хорошей практикой).