Все зависит от того, что вы собираетесь делать. Если вашему приложению требуется GPS, акселерометр или графическая нагрузка, единственным подходящим вариантом является нативное приложение.
В противном случае я бы выбрал для вашего приложения что-то вроде Sencha Touch по нескольким причинам. Прежде всего, если вы выпускаете обновление с приложением HTML5, вам не нужно заставлять всех загружать его, оно будет обновляться автоматически. Кроме того, как вы упомянули, вам нужно всего лишь написать одно приложение для всех мобильных платформ, что расширяет базу потенциальных пользователей. Наконец, я думаю, что интернет на телефонах становится достаточно быстрым, чтобы очень хорошо поддерживать интернет-приложения, и это только улучшится в ближайшие дни.
По сути, все зависит от конкретных потребностей приложения. Лично я бы по возможности использовал HTML5 из-за мобильности, которую он дает вам с платформами.