В Git лучше иметь каждый проект в своем собственном репо, а библиотеки в другом репо, если необходимо, и использовать в качестве подмодулей (эквивалент svn externals) в каждом проекте.
Это потому, что в Git репо является гораздо более легкой концепцией, чем SVN, а также, что более важно, нет возможности клонировать отдельные папки (не путать с разреженными выкупами) в репо отдельно, как вы можете оформлять заказы и работать с отдельными папками в SVN. Поэтому, если у вас все проекты в одном репо, вам придется их клонировать.
Обслуживание репозиториев Git с использованием smart-http, git daemon и ssh довольно просто. Существует также Gitolite для управления несколькими репозиториями (включая авторизацию и аутентификацию). Прочитайте связанную главу ProGit по обслуживанию репозиториев Git- http://progit.org/book/ch4-2.html
Что касается вашей группировки, вы можете поместить репозитории в папки в соответствии со структурой вашей группировки и использовать, скажем, умный http-метод, при котором URL-адреса репо будут выглядеть как URL-адреса, которые вы использовали бы в SVN, во всех проектах. находящиеся под группировкой и т. д.