Для PHP не очень хорошая идея генерировать Javascript. Единственный javascript, который я бы порекомендовал экспортировать, это простые JSON-назначения, подобные следующим:
<script type="text/javascript"><!--
var MyNamespace.info = <?php echo json_encode($info_array) ?>
// --></script>
Это самый простой способ обезопасить информацию PHP и сделать ее доступной для javascript на клиенте. Тем не менее, все остальное должно быть записано в реальных файлах JAVASCRIPT, на которые есть ссылки с тегами в начале документа. Единственное другое появление Javascript из файлов на стороне сервера, которое, я бы сказал, в порядке, это вещи, помещенные в «onclick» и другие подобные атрибуты.
Основанием для этого является то, что Javascript должен быть написан и поддерживаться внешними людьми, которые знают Javascript, и сайт должен быть способен (хотя бы частично) работать без javascript. Нет причин генерировать спагетти встроенный Javascript.
Посмотрите мой PHP-фреймворк PHP On Pie (http://phponpie.com) для примера того, как правильно реализовать это. Он разделяет JS и PHP, за исключением случаев экспорта JSON, как показано выше. Однако он также предоставляет соглашения для легкого взаимодействия между клиентом и сервером через AJAX.