Во время выполнения файловые операции выполняются относительно рабочего каталога, когда абсолютные пути не указаны, что означает, что FileOutputStream("myfile.txt")
создаст файл в текущем рабочем каталоге, чем бы он ни был.
Если он работает в командной строке, но не в Eclipse, то это должно означать, что src
не является вашей текущей рабочей папкой. Я предполагаю, что папка проекта является текущей папкой.
Вы получаете ошибку при запуске из Eclipse или программа просто завершается? Если ошибки нет, то ваш файл создается где-то еще. Поищите его на жестком диске.
Так же, как тест, при запуске вашей программы из Eclipse, непосредственно перед размещенным вами кодом, добавьте следующее и посмотрите, куда он указывает:
System.out.println(System.getProperty("user.dir"));