Ответ на ваш первый вопрос - да - hsqldb создает каталог и хранит там все, что нужно для базы данных.
2-й вопрос - если вы хотите начать с нуля с пустой базы данных, вы можете удалить созданный каталог, и драйвер JDBC создаст его заново при попытке подключения. Я думаю, что вы хотите сохранить базу данных нетронутой, а просто удалить свои тестовые данные? В этом случае вам понадобится скрипт очистки, чтобы явно удалить добавленные вами строки. Это обычно происходит в функции «разрыва» вашего теста.