Может быть что-то об этом:?
$(function(){
$("link").each(function(){
$(this).attr('href','NEW_URL.css');
});
});
Это изменит атрибуты href всех элементов, но я не могу гарантировать, что это изменит стили, потому что этот скрипт будет выполняться при DOMготов.
PS Это не чистый javascript - это jQuery (извините, если вам нужен чистый javascript)
PPS - я только что попробовал - CSS применяется.Это не значит, что вы можете заблокировать загрузку файлов CSS, написанных в теге.Они загружаются, но когда DOM готов (документ загружен) - стили меняются.Это довольно быстро - вы не сможете увидеть старые стили =)