Попробуйте это,
Alert alert = driver.switchTo().alert();
alert.accept();
Раньше я никогда не использовал оповещения, раньше я отключал всплывающие окна с помощью JS. Вы тоже можете это сделать, но я думаю, что Alert будет первым выбором.
EDIT # 1
Вот как использовать скрипт Java для отключения всплывающих окон. Обратите внимание, что это должно быть выполнено ДО щелчка, который вызывает всплывающее окно. В зависимости от того, является ли ваше всплывающее окно предупреждением, подтверждением или запросом, вам придется использовать что-то вроде следующего.
((JavascriptExecutor)driver).executeScript("window.alert = function(msg) { return true; }");
((JavascriptExecutor)driver).executeScript("window.confirm = function(msg) { return true; }");
((JavascriptExecutor)driver).executeScript("window.prompt = function(msg) { return true; }");