У меня была похожая проблема.
Я хотел организовать свой проект, используя папки src и bin прямо из поиска Mac и использовать Emacs или какой-либо другой текстовый редактор. Мне просто не понравилось затмение.
Вы не можете выполнять классы из другой папки, но вы можете сделать компиляцию из другой папки в ту, которую вы собираетесь выполнить.
Например (при условии, что пакета нет), перейдите в папку bin и запустите:
$ javac ../src/name.java -d ../bin/
(компилируется из папки src и выводит файл .class непосредственно в bin)