Я не знаю, возможно ли это (т. Е. Есть способ взломать его, чтобы он работал), но, конечно, не рекомендуется использовать более одного UINavigationController. Я бы поставил под сомнение дизайн приложения, если вы считаете, что это необходимо, поскольку оно будет сложным не только для реализации, но и для ваших пользователей.
Инкапсулированный подход заключается в том, чтобы ваш основной пользовательский интерфейс использовал один UINavigationController. Когда пользователь выполняет действие, которое переходит в его собственный логический поток, представьте новый контроллер навигации в качестве контроллера модального представления и попросите пользователя завершить этот логический поток и отклонить модальный режим, когда он вернется к первичному пользовательскому интерфейсу.