Сначала добавьте еще один контейнер:
<div id="player"></div>
<div id="player2"></div>
И загрузите флэш-память в соответствующий контейнер в соответствии с аргументом функции:
function loadVideo(playerUrl, autoplay, containerId) {
if (typeof containerId == "undefined")
containerId = "player";
swfobject.embedSWF(
playerUrl + '&rel=1&border=0&fs=1&autoplay=' +
(autoplay?1:0)+'&version=3', containerId, '585', '355', '9.0.0', false,
false, {allowfullscreen: 'true'});
...
}
Теперь вызовите функцию, подобную этой, чтобы загрузить видео во второй контейнер:
onclick="loadVideo(\'', playerUrl, '\', true, 'player2')"