То, что я должен был сделать, это поместить любой код, который идет после AlertDialog, в соответствующий слушатель. Например, если после диалогового окна с предупреждением у вас есть набор кода, который вы хотите выполнить только на основе какого-либо ответа, переместите этот код в другой метод. Затем в вашем прослушивателе positiveButton (или прослушивателе с отрицательной кнопкой) добавьте вызов к соответствующему методу, который вы только что создали. Или вы можете просто вставить все это в слушателя, но это делает код менее управляемым.