Чтение многих файлов всегда будет медленным.
Вам нужно проиндексировать эти файлы, как это делает поисковая система.
Прочитать их все один раз, проиндексировать их, поставитьиндексировать в базу данных, а затем повторно индексировать их, если и когда они изменятся.