Что-то вроде этого должно работать:
depend_on_file.target = depend_on_file
depend_on_file.depends = path_to_your_txt_file
depend_on_file.CONFIG += recursive
QMAKE_EXTRA_TARGETS += depend_on_file
PRE_TARGETDEPS += depend_on_file
Перестройка будет запущена, если файл path_to_your_txt_file
изменится, но имейте в виду, что если ваш скрипт qmake, который анализирует файл, изменит переменную DEFINES, то вам не повезло. Видите, определения не указаны в зависимостях. Если определения изменены, вам нужно сделать полное восстановление вручную.