Обычно люди строят против jvm.dll, если они хотят обернуть свои собственные функции вокруг ядра Java, где иногда трудно делать вещи, которые выглядят «родными» из Java.Хорошим примером действительно является Eclipse, где они хотят открыть заставку и выполнить некоторые другие действия перед запуском.Для других продуктов Java - лишь малая часть их рабочей нагрузки (например, большое приложение C ++, которое в какой-то момент должно быть подключено к Java).
С точки зрения производительности это не имеет значения.Это все о том, как вы хотите, чтобы «подгонка и отделка» для таких вещей, как Eclipse.