Я делал что-то вроде этого:
Я добавлял .qualifier в конец каждого плагина xml (feature.xml ...), моя версия плагина выглядела так: 0.9.0.qualifier
Если вы откроете файл build.properties, должно быть что-то вроде этого:
#Enable / disable the generation of a suffix for the features that use .qualifier.
#The generated suffix is computed according to the content of the feature
#generateFeatureVersionSuffix=true
раскомментируйте это, соберите и, надеюсь, оно будет работать.