Вы можете создать два разных файла начальной загрузки и два разных файла конфигурации xml
app1.xml
<phpunit bootstrap="app1BootstrapFile.php" colors="true">
<testsuite name="app1" >
<directory>./app1</directory>
</testsuite>
</phpunit>
app2.xml
<phpunit bootstrap="app2BootstrapFile.php" backupGlobals="false" colors="true">
<testsuite name="app2" >
<directory>./app2</directory>
</testsuite>
</phpunit>
Для запуска:
$phpunit --configuration app1.xml app1/
$phpunit --configuration app2.xml app2/
Если вы запустите один тест больше, чем другой (скажем, app1), назовите xml phpunit.xml, и вы можете просто запустить
$phpunit app1/
$phpunit --configuration app2.xml app2/
Я делаю это с помощью модульных / интеграционных тестов.