Поставщики членства должны быть совместимы и поэтому должны работать, просто подключившись к файлу конфигурации любого приложения на основе поставщика.
Инструмент администрирования веб-сайтов делает именно это, он запускается в своем собственном веб-приложении, полностью отделенном от вашего MVC-приложения, и просто ссылается на вашего провайдера.
Чтобы это работало, вам необходимо обеспечить все зависимостинеобходимые для поставщика членства упакованы в одну сборку и загружают ваш контейнер IoC независимо от среды, в которой он работает. Вы можете кодировать это таким образом, чтобы совместно использовать инициализацию MVC, но не зависеть от нее.