Вы делаете что-то конкретное для извлечения файла JAR? Я спрашиваю, потому что обычно файлы jar не извлекаются при их выполнении.
Если вы запустите "java -jar myJar.jar" или "java -cp myJar.jar com.example.MyMainClass", файлы jar, на которые есть ссылки, не будут извлечены. Java загрузит ваши классы и ресурсы непосредственно из файла jar, не распаковывая его.