Попробуйте сначала удалить все элементы, которые нужно вставить из коллекции, а затем вызвать insert:
var search = [];
arrayToInsert.forEach(function(v, k) {
search.push(v.hash); // my unique key is hash. you could use _id or whatever
})
collection.remove({
'hash' : {
$in : search
}
}, function(e, docs) {
collection.insert(arrayToInsert, function(e, docs) {
if (e) {
console.log("data failed to update ", e);
}
else {
console.log("data updated ");
}
});
})