Если вы хотите проверить зависимости в сборке .Net, лучше использовать CheckAsm вместо Dependency Walker (по крайней мере, если вы хотите увидеть зависимости управляемого кода, которые вы, вероятно, хотите).
Вы можете скомпилировать управляемые библиотеки .Net в AnyCPU, поэтому вам обычно не нужно беспокоиться о 32- / 64-битных проблемах. Но, возможно, ваша DLL зависит от неуправляемой DLL, что может вызвать проблемы, если неуправляемая библиотека, например, 32-разрядный, и вы пытаетесь запустить его на 64-разрядном компьютере.