Я, честно говоря, не могу придумать ничего, что могло бы вызвать такое поведение, если бы я немного знал о том, как устроен ваш сайт, я мог бы предложить несколько советов о том, как структурировать его по-другому, чтобы этого не произошло.
Что-то, что я делаю на своих сайтах, имеет такую настройку:
global.php <- такие вещи, как настройка базы данных, включая файл со случайными функциями </p>
header.php <- базовый материал заголовка html, здесь требуется global.php. </p>
Тогда во всех остальных файлах просто требуется заголовочный файл, и у вас не должно быть конфликтов. Если вы используете конкретный фреймворк (CakePHP, Kohana), то это определенно меняет вещи ... как я уже сказал, недостаточно информации для продолжения.