Я не могу специально комментировать Skype, но у меня есть некоторый опыт с этим (http://wiki.squeak.org/squeak/5629). Мы называли наши супер-узлы "большими дружественными гигантами" или BFG:).
Идея, лежащая в основе суперузлов, заключается в том, что, хотя вы надеетесь, что они появятся в сети, предоставляя новым пользователям больше возможностей для пробивки NAT, вы, как сетевой оператор p2p, обеспечите себе минимальный набор (может быть только одна или две машины они просто необходимы для первоначальной пробивки дырок, реальный трафик в любом случае будет перенаправлен напрямую). Насколько я знаю, Skype тоже это делает - они сами запускают минимальный набор супер-узлов.
Когда в начале этого года у Skype были проблемы, многие пытались подключиться, и поэтому супер-узлы перегружались, что приводило к эффекту домино. Skype добавил супер-узлы, но количество людей, которые пытались восстановить соединение в то время, было настолько огромным, что потребовалось довольно много времени, чтобы восстановить сеть. Это довольно забавно - у нас было это и с вышеупомянутым проектом - что P2P-сеть может быть чрезвычайно устойчивой, пока она не переместится через какое-то ребро, и все это рушится.
[отказ от ответственности: я работаю на eBay, бывшего владельца Skype, но это все мое личное мнение и основано на публичной информации]