Вы можете установить свойство непрозрачности Image-Controls, чтобы просматривать его с прозрачностью.
Но чтобы получить файл изображения с прозрачностью, вам нужно будет отобразить его в новый файл.
Вот пример, как вы можете это сделать.
Image image = new Image(); //or however you get this
image.Opacity = 0.5;
RenderTargetBitmap bmp = new RenderTargetBitmap(image.Source.Width, image.Source.Height, 96, 96, PixelFormats.Pbgra32);
bmp.Render(image);
PngBitmapEncoder png = new PngBitmapEncoder();
png.Frames.Add(BitmapFrame.Create(bmp));
using (Stream fs= File.Create("test.png"))
{
png.Save(fs);
}