Если я вас не правильно понимаю, вы используете пользовательский файл xmlreader.exe для чтения документов XML и отправки их в оркестровку BizTalk. Это именно то, что BizTalk Receive Port + Receive Location (+ XmlPipeline) сделает для вас.
Мне кажется, что ваша проблема выглядит так, как будто ваш xmlreader.exe и ваш порт получения BizTalk + Местоположение получения работают друг против друга.
Если вам нужно выполнить специальную обработку входящих сообщений, вам нужно создать конвейерный компонент.
Проверьте вашу консоль администрирования BizTalk. Готов поспорить, что все принятые вами сообщения будут приостановлены, поскольку ваша оркестровка их не получила.