FWIW, вы также должны прочитать официальную документацию mod_wsgi.
http://code.google.com/p/modwsgi/wiki/IntegrationWithDjango
Технически не имеет значения, где в файле вы размещаете строки, добавляющие дополнительные каталоги в sys.path, если они ссылаются только на то, где находится каталог вашего сайта Django. Это связано с тем, что их нужно настроить только к моменту первого веб-запроса. То есть при первом вызове объекта приложения.
Так что, если вы добавите их в файл как последний элемент, он все равно будет работать. В целом, выглядит более логичным вставить их до того, как вы на самом деле импортируете модули Django. Этим вы гарантируете, что, если Django когда-либо будет изменен на загрузку вперед, а не на отложенную загрузку при первом запросе, он все равно будет работать.
Очевидно, что они по крайней мере должны быть после импорта 'sys'.