Вам нужно использовать NEW GUID для 2.x, если вы не хотите, чтобы он «знал» о 1.x (то есть игнорировать его, все равно и т. Д.)
Я использую следующий код, меняя var.Property_UpgradeCode
только тогда, когда я хочу, чтобы новая версия игнорировала ранее установленные версии (например, существует рядом в разных папках)
<Product Id="*"
UpgradeCode="$(var.Property_UpgradeCode)"
Name="!(loc.ApplicationName)"
Language="!(loc.Property_ProductLanguage)"
Version="$(var.version)"
Manufacturer="!(loc.ManufacturerName)" >
<MajorUpgrade AllowSameVersionUpgrades="yes"
DowngradeErrorMessage="!(loc.LaunchCondition_LaterVersion)"
MigrateFeatures="no"
Schedule="afterInstallInitialize" />