Я настоятельно рекомендую вам не отменять работу проводника Windows. Люди уже знакомы с тем, как это работает, и изменение его заставит людей делать то, что они не намерены.
Изменение того, как что-то столь важное работает, очень плохая идея.
По техническим причинам, почему это плохая идея, см. Блог Раймонда Чена . По вашему профилю я вижу, что у вас есть навык C ++, и я бы предложил делать это на C ++, а не на C #.