Системные свойства являются глобальными для всей JVM, поэтому ответ - нет.
То, что вы могли бы сделать, это предоставить <context-param> в вашем web.xml, что аналогично.
Другой альтернативой может быть использование JNDI, где каждое веб-приложение имеет своего рода механизм проверки настроек конфигурации.