Немного оптимизировано (но может быть оптимизировано и дальше, в частности, с помощью цикла for вместо jQuery.each()
):
var numbers = $(".hdnCheckedPhoneNumbers").val().split(","),
$phoneCb = $(".phoneCB");
$(numbers).each(function(index, val) {
$phoneCb.filter("[data-rowNumber='" + val + "']").children().attr("checked", "checked");
});