Лучший способ узнать, что происходит, - это отслеживать выполнение запроса, но я не знаю, как это сделать в SQL Server.
Вы также можете попробовать просмотреть план выполнения запроса, который может показать вам, если под прикрытием происходит что-то неожиданное (например, если Департамент действительно сложный вид).
Представляя, что таблица имеет первичный ключ с именем Department_ID, который всегда является положительным целым числом, вы можете попробовать что-то вроде:
SELECT COUNT(*) FROM Department WHERE Department_ID > 0
Это может заставить его сканировать индекс вместо реальной таблицы.