Для этого можно использовать C # и объекты управления сервером (SMO). Классы, которые вам нужны, находятся в библиотеках Microsoft.SqlServer.Smo и Microsoft.SqlServer.WmiManagement.
Вот фрагмент кода Powershell, который я использовал и использует те же объекты. Надеюсь, он укажет вам правильный путь.
$smo = 'Microsoft.SqlServer.Management.Smo.'
$wmi = new-object ($smo + 'Wmi.ManagedComputer').
# List the object properties, including the instance names.
$Wmi
# Enable the TCP protocol on the default instance.
$uri = "ManagedComputer[@Name='<computer_name>']/ ServerInstance[@Name='MSSQLSERVER']/ServerProtocol[@Name='Tcp']"
$Tcp = $wmi.GetSmoObject($uri)
$Tcp.IsEnabled = $true
$Tcp.Alter()
$Tcp
# Enable the named pipes protocol for the default instance.
$uri = "ManagedComputer[@Name='<computer_name>']/ ServerInstance[@Name='MSSQLSERVER']/ServerProtocol[@Name='Np']"
$Np = $wmi.GetSmoObject($uri)
$Np.IsEnabled = $true
$Np.Alter()
$Np