Eclipse должен автоматически перестроить ваше приложение, если опция активирована.Посмотрите на это в Project -> Автоматическая сборка
ADT должен переустановить приложение, если вы запустите проект.Взгляните на консоль (не LogCat) Eclipse, вы должны увидеть некоторую информацию о переустановке приложения (по крайней мере, это при развертывании на устройстве).Сделано, попробуйте использовать оператор журнала, который вы измените, как только у вас возникнет ощущение, что это не текущая версия.Таким образом, вы можете узнать, сработало ли хотя бы развертывание.
Если ничего из этого не помогло, мы должны копать глубже ...