Я бы посмотрел на использование WCF .Ваше приложение C # будет размещать службу WCF, а затем ваше приложение PHP может вызывать ее, я думаю, PHP5 поставляется с библиотекой SOAP, которая должна сделать это относительно простым.Любое другое приложение, которое вы напишите, сможет легко вызывать, особенно если оно написано в .NET.
Я полагаю, что COM будет работать нормально, но мне нравится масштабируемость WCF, как будто вы должныВ конечном итоге эти приложения переносятся на отдельные серверы, и вам не нужно ничего менять, кроме URL.
В этом блоге есть хороший пример .Если вы используете PHP5, это должно быть пустяком, если вам нужно использовать 4, то это все равно будет возможно, но потребует немного больше работы.