Зависит от того, как настроено ваше решение, если у вас есть общие библиотеки и т. Д. Я лично хотел бы, чтобы отдельные проекты для каждого выпуска заголовка, но, возможно, в рамках одного решения, таким образом, при тестировании и изменении изменений в общей библиотекеприменимо к обоим, но при публикации вы можете выбрать соответствующий проект.В итоге вы получите дублирование кода, но можете уменьшить его с помощью некоторого повторного факторинга.
Структура папки будет выглядеть примерно так:
RootFolder->
-ApplicationFree
-ApplicationPremium
-SharedLib1
-SharedLib2
Application.sln
По крайней мере, так вы имеете дело только содно решение для приложения, а не для версии.