Полагаю, вы используете SVN. Если так, то это то, что он должен делать. update попытается объединить изменения из репозитория с вашей рабочей копией, чтобы вы могли затем протестировать свои изменения с последней версией из репозитория и зафиксировать их, как только вы убедились, что все в порядке.
Если вы хотите отменить локальные изменения, вам нужно сделать возврат.
Прочитайте книгу SVN, она очень хорошо написана и все ясно объясняет: http://svnbook.red -bean.com /