попробуйте
editor = CKEDITOR.instances.fck; //fck is just my instance name you will need to replace that with yours
var edata = editor.getData();
var replaced_text = edata.replace("idontwant", "iwant this instead"); // you could also use a regex in the replace
editor.setData(replaced_text);
Вы можете поместить это в размытие или что-то в этом роде