Нет абсолютного ответа на это, конечно, это чисто мнение.
Однако мой совет - придерживаться общих стандартов, насколько это возможно;как вы говорите - SL может устареть, Moonlight может не обновиться снова, Apple может полностью отказаться от поддержки flash.Кто знает?
Это реальные риски, но вы можете программировать с защитой - тщательно документируйте свой API, подумайте о написании интерфейса REST / WCF / SOAP, который может обеспечить поведение, необходимое вашей программе.Правильно беспокоиться о том, что риски в основном существуют!