Проще говоря, «дерево» означает снимок всего состояния хранилища в тот момент времени (например, что вы получили для своего текущего кода [который также известен как HEAD]) хранилища, когда сделанный на данный момент коммит и т. д.)
Каталог просто ссылается на каталог файловой системы.