Я знаю, что это старый пост, но, по словам Microsoft, вот что вам нужно сделать:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa577482(v=bts.20).aspx
Все сборки компонентов конвейера .NET (собственные и пользовательские) должны находиться в папке \ Pipeline Components, чтобы сервер выполнял их. Если конвейер с пользовательским компонентом будет развернут на нескольких серверах, двоичные файлы компонента должны присутствовать в указанной папке на каждом сервере.
Вы не должны добавить пользовательский компонент конвейера, который будет использоваться средой выполнения BizTalk, в глобальный кэш сборок (GAC).
Пользовательские компоненты COM в конвейере также будут отображаться на панели инструментов при условии, что они зарегистрированы на компьютере как компонент COM. Пользовательские компоненты конвейера .NET должны быть помещены в папку \ Pipeline Components.
После того, как бинарные файлы находятся в правильном месте, вам нужно добавить компонент в панель инструментов. Инструкции по добавлению компонента конвейера в панель инструментов см. В разделе Как использовать панель инструментов .
.